作成日:2024年4月22日
目的：CellOracleのアルゴリズムと実装について理解する。
1. scATAC-seqデータやプロモーターのデータベースを用いたbase GRNの構築
2. scRNA-seqデータの前処理
3. scRNA-seqデータを用いたcontext-dependentなGRN推論
4. ネットワーク解析
5. TF摂動に伴うcell identityのシュミレーション
6. psuedotime勾配ベクトルと内積スコアを計算して、摂動スコアを生成する。
単語：
・UMI count：細胞ごとに検出された固有の分子の数
・TSS：転写開始位置
・Bagging Ridge model
・Bayesian Ridge model
・RNA velocity
Code Availability：https://github.com/morris-lab/CellOracle