2024/04/23
RNA velocityとは
元論文
シングルセルデータから細胞状態遷移の方向性を推定する手法がRNA velocityである。イントロン由来のスプライスされたRNAとエキソン由来のスプライスされていないRNAの比率に着目すること。
理論：イントロンが取り除かれていない転写物は転写してからの時間が間もないと考えられる。すなわちイントロンを含む転写産物が多い遺伝子ほど転写が活発に行われている（転写が間もないものが多い。）すなわち遺伝子の発現量は次の時点で上昇するという仮定を置く
これによってイントロンを含有する転写産物の量から近い未来の遺伝子発現の変化（細胞状態遷移）の方向性を予測する。
これはscRNA-seqデータに対して用いる。
RNA velocityを解析するツール:
velocyto, scVeloなどが存在する。
参考サイト：https://diagenode.co.jp/techs-used-to-study-epigenetics/atac-seq
April 23, 2024
What is RNA velocity?
Source Paper
RNA velocity is a method for estimating the directionality of cell state transitions from single-cell data.
Focus on the ratio of intron-derived spliced RNA to exon-derived unspliced RNA.
Theory: Transcripts that have not had introns removed are considered to have been transcribed not long after transcription.
In other words, the assumption is made that the expression level of the gene will increase at This predicts the direction of changes in gene expression (cell state transition) in the near future based
on the amount of intron-containing transcripts. This is used for scRNA-seq data.
Tools to analyze RNA velocity:
velocyto
scVelo
Reference Site : https://diagenode.co.jp/techs-used-to-study-epigenetics/atac-seq
